酒精消滅微生物的原理，主要是因為酒精可以使蛋白質變性 (protein denaturation)，並且凝集 (coagulate) 蛋白質。微生物沒有了蛋白質，自然失去了生物活性。

如果是70%的酒精，因為它凝集蛋白質的速度比較慢，所以雖然一樣會凝集蛋白質，但不會在微生物外圍形成一層保護層。也因此酒精分子可以穿入細胞內部，破壞細胞內的蛋白質，讓微生物死亡。